Найчастішими побічними ефектами є діарея, нудота. Лейкопенія також дуже часто спостерігається. Нижче описані небажані ефекти.
Оцінка частоти: дуже поширені (³ 1/10), поширені (³ 1/100, 1/10), непоширені (³ 1/1000, 1/100), рідко поширені (³ 1/10 000, 1/1000), дуже рідко поширені (1/10 000).
Інфекції та інвазії: дуже поширені – інфекції; непоширені – сепсис.
Кров і лімфатична система: дуже поширені – лейкопенія, мієлосупресія, нейтропенія, гранулоцитопенія, тромбоцитопенія, анемія, панцитопенія; рідко поширені – агранулоцитоз.
Імунна система: дуже поширені – імуносупресія; дуже рідко поширені – анафілактичні реакції, анафілактичний шок.
Ендокринні розлади: рідко поширені – збільшення загальної кількості тироксину (Т4), збільшення загальної кількості трийодтироніну (Т3).
Метаболізм: непоширені – гіперурикемія. Ризик розвитку тяжких і тривалих побічних реакцій невдовзі після початку лікування флюороурацилом найвищий у пацієнтів з низькими рівнями активності дигідропіримідиндегідрогенази (ДПД) (з будь-якої причини, зокрема внаслідок прийому інгібіторів ДПД типу енилурацилу або противовірусного препарату сорувідину). Рекомендується контролювати активність ДПД на початку лікування.
Психічні розлади: рідко поширені – сплутаність свідомості.
Порушення з боку нервової системи: поширені – можливий транзиторний оборотний церебральний синдром, при якому спостерігаються атаксія, сплутаність свідомості і екстра-пірамідні рухові і кортикальні розлади. Зазвичай зазначені явища зникають після відміни препарату.
Рідко поширені – атаксія, екстрапірамідні розлади, мозочкові порушення, кіркові порушення, ністагм, головний біль, вертиго, паркінсонподібний синдром, пірамідні симптоми, ейфорія, лейкоенцефалопатія, порушення мови, афазія, судоми, кома, ураження зорового нерва, периферична нейропатія. Повідомлялося про випадки лейкоенцефалопатії, оборотної при негайній відміні препарату. Ризик розвитку лейкоенцефалопатії вищий у пацієнтів з дефіцитом дигідропіримідиндегідрогенази. Для діагностики лейкоенцефалопатії доцільно застосовувати метод дифузійно зваженої томографії. При комбінованій хіміотерапії (зокрема флюороурацилом у поєднанні з мітоміцином С або цисплатином) відзначалися поодинокі випадки інфаркту головного мозку.
Орган зору: поширені – кон’юнктивіт; непоширені – підвищена сльозотеча, дакріостеноз (звуження нососльозової протоки), порушення зору, фотофобія, диплопія, зниження зору, блефарит, ектропіон (виворот повіки).
Серцево-судинні розлади: поширені – біль у грудях, тахікардія, зміни на ЕКГ, стенокардія; рідко поширені – аритмія, інфаркт міокарда, міокардит, серцева недостатність, кардіоміопатія, відчуття серцебиття, зупинка серця, раптова серцева смерть; васкуліт, синдром Рейно, мозкова ішемія, шлуночкова ішемія, периферична ішемія, тромбоемболія, носові кровотечі.
Органи дихання: непоширені – носова кровотеча, диспное, бронхоспазм.
Шлунково-кишкові розлади: дуже поширені – діарея, нудота, блювання, запалення слизової оболонки, стоматит, езофагіт, фарингіт, проктит; непоширені – виразка шлунка, шлунково-кишкова кровотеча.
Печінка: непоширені – порушення функції печінки; рідко поширені – некроз печінки.
Шкіра та підшкірні тканини: дуже поширені – алопеція, долонно-підошовна еритродизестезія; непоширені – дерматит, гіперпігментація, гіпопігментація, зміна нігтьових пластинок, нігтьова гіперпігментація, нігтьова дегенерація, біль нігтьового ложа, часткова втрата нігтів, оніхолізис, екзантема, сухість шкіри, кропив’янка, фоточутливість.
З боку кістково-м’язової системи. Непоширені – некроз носових кісток.
З боку нирок і сечовивідної системи. Непоширені – ниркова недостатність.
З боку репродуктивної системи. Непоширені – порушення сперматогенезу і овуляції.
Інші: дуже поширені – гарячка, втомлюваність; непоширені – тромбофлебіт, дегідратація, розширення вен.
Лабораторні показники. Дуже рідко поширені – відзначалися поодинокі випадки збільшення протромбінового часу при комбінованому застосуванні флюороурацилу і варфарину.